Vingt ans après la première invasion extra-terrestre de la planète et le sauvetage in-extrémis de ses habitants par le capitaine Steven Hiller (Will Smith), les nations humaines ont mis en place un immense programme de défense pour protéger la Terre en utilisant la technologie Alien récupérée lors de la première invasion. Mais rien ne saurait les préparer à ce qui les attend. Seule l'ingéniosité de quelques hommes et femmes saurait nous sauver de l'extinction totale...